Carl Frederik Aagaard zieht im Jahr 1852 nach Kopenhagen, um an der dortigen Kunstakademie zu studieren. Parallel zu seiner Ausbildung arbeitet er als Xylograph und Radierer in der Werkstatt seines Bruders Johann Peter. Während dieser Zeit erhält er zudem eine Ausbildung in der Dekorationsmalerei durch Georg Christian Hilker, der ihn in diesem Bereich entscheidend prägt. Dazu gehören unter anderem die Ausgestaltung der Kapelle von König Christian IV. im Roskilder Dom, Arbeiten im Königlichen Theater sowie in Frijsenborg, einem bedeutenden dänischen Adelssitz. Im Jahr 1853 verlässt Aagaard die Akademie, um seine Ausbildung bei Peter Christian Skovgaard fortzusetzen. Skovgaard, ein bedeutender Vertreter der dänischen Romantik, übt den größten künstlerischen Einfluss auf ihn aus und führt ihn zur Landschaftsmalerei. Aagaard entwickelt schnell seinen eigenen Stil und kann bereits 1857 seine ersten großen Erfolge verbuchen. Seine Landschaftsbilder erregen Aufmerksamkeit, und im Laufe der Jahre gewinnt er mehrere Preise, die seine künstlerische Bedeutung unterstreichen. Seine herausragende Stellung in der dänischen Kunstszene wird schließlich 1892 durch die Verleihung des Professorentitels gewürdigt. Aagaard widmet sich vorrangig der Darstellung dänischer Landschaften, doch spiegeln sich in seinen Werken auch Eindrücke aus seinen Reisen wider. Besonders die Natur der Schweiz und Italiens inspiriert ihn, und er hält seine Erlebnisse in atmosphärischen Gemälden fest. Neben weitläufigen Waldlandschaften beschäftigen ihn zudem Szenen aus dem Alltag der Landbevölkerung, die er mit großer Detailgenauigkeit und einem feinen Gespür für Licht und Stimmung einfängt. Heute befinden sich Aagaards Werke größtenteils in Privatbesitz, doch auch bedeutende Sammlungen bewahren seine Kunst. Besonders hervorzuheben ist die königliche Gemäldesammlung in Kopenhagen, in der einige seiner wichtigsten Werke ausgestellt sind.